แพทย์หญิง คุณหญิงพรทิพย์ โรจนสุนันท์ เคยรับราชการในตำแหน่ง แพทย์หญิง ระดับ 4 ประจำ โรงพยาบาลพุทธชินราช จังหวัดพิษณุโลก ในปี พ.ศ. 2523 ต่อมาในปี พ.ศ. 2533 จึงย้ายมาเป็นอาจารย์ภาควิชาพยาธิวิทยา และหัวหน้าหน่วยนิติเวชและหน่วยตรวจศพ ภาควิชาพยาธิวิทยา โรงพยาบาลรามาธิบดี ในระหว่างนั้นยังได้ดำรงตำแหน่ง กรรมการสภาคณาอาจารย์มหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. 2541 และตำแหน่ง ประธานสภาอาจารย์รามาธิบดี พ.ศ. 2541-พ.ศ. 2542 อีกด้วย
ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 ได้โอนมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการกองการแพทย์ สถาบันพินิจคุ้มครองเด็กและเยาวชนกลาง จังหวัดนนทบุรีและโฆษกกระทรวงยุติธรรม ในปี พ.ศ. 2546 ดำรงตำแหน่ง รองผู้อำนวยการสถาบันนิติวิทยาศาสตร์ กระทรวงยุติธรรม และในปี พ.ศ. 2548 ได้รับการแต่งตั้งให้รักษาการผู้อำนวยการสถาบันนิติวิทยาศาสตร์ กระทรวงยุติธรรม กระทั่งในปี พ.ศ. 2551 ได้รับการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถาบันนิติวิทยาศาสตร์ (นักบริหาร ระดับสูง)และในวันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2553 ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งกรรมการ ศูนย์อำนวยการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉิน
อ้างอิง
ชันสูตรพลิกศพ 